미션 베이(Mission Bay)와 샌디에이고 베이(San Diego Bay)는 마치 반짝이는 보석처럼 샌디에이고 가장자리를 아름답게 장식하고 있습니다. 카약, 스탠드업 패들보드 , 모터 수상정, 요트, 카이트보드 등 상상할 수 있는 모든 수상 스포츠를 즐길 수 있습니다. 더 새로운 것을 원한다면 바히아 벨(Bahia Belle) 리버보트나 로맨틱한 베네치아 풍 곤돌라를 타거나 제임스 본드처럼 등에 개인용 분사추진기 제트팩을 메고 날아보세요.
혼블로워(Hornblower)와 플래그십 크루즈에서는 백만불짜리 샌디에이고 베이 전망을 감상할 수 있는 유람 관광투어,디너 및 브런치 크루즈 상품도 운영합니다.
육지에도 즐거움은 가득합니다. 미션 베이와 태평양 사이에 좁고 긴 모양으로 자리한 미션 비치(Mission Beach)는 서핑 장비점과 티셔츠 판매점, 펑키한 비치바가 즐비하며 4.8km(3마일) 길이 바닷가 산책로는 베니스 비치에 견줄 만합니다.벨몬트 파크(Belmont Park)놀이공원은 나무로 만든 롤러코스터 ‘빅 디퍼(Big Dipper)’ 등 클래식한 놀이기구가 갖춰져 있습니다.미션 베이에는 43km(27마일)에 이르는 물가 산책로가 있어 걷거나 자전거타기에 좋습니다.