Ce complexe de sanctuaires marins, dont certains comptent parmi les plus anciens de Californie, protège des habitats allant des plaines sableuses et des récifs rocheux aux forêts de varech et aux canyons sous-marins. Juste au large de la côte de La Jolla, ces eaux océaniques regorgent de vie, et des lions de mer, des dauphins, des baleines migratrices et des requins-léopards (avec lesquels on peut nager en toute sécurité) viennent ici pour se nourrir. Les eaux servent aussi également de laboratoire ; la célèbre Scripps Institution of Oceanography surplombe La Jolla Shores.
Pour les amoureux de la nature, c'est un Disneyland marin. On peut louer des kayaks sur la côte rocheuse et partir explorer des grottes marines. Des locaux, comme La Jolla Kayak, organisent des excursions en kayak de mer, ainsi que des excursions de plongée en apnée. De décembre à avril, explorer les lieux en kayak est un excellent moyen pour observer les baleines migratrices. Et si vous préférez rester sur la terre ferme, passez du temps sur la plage, puis marchez jusqu'au Birch Aquarium (qui fait partie de la Scripps Institution) pour profiter d'une vue imprenable sur la vie marine, sans vous mouiller.